A prefeitura de Ilhéus, por exemplo, usou recursos do Fundeb para a aplicação em funções que não são de educaçãoTodas as prefeituras da Bahia apresentaram problemas nas contas relativas ao exercício de 2009 e nenhuma delas conseguiu aprovação, na íntegra, do Tribunal de Contas dos Municípios (TCM). Dos 415 municípios avaliados, (apenas Porto Seguro e Irajuba não tiveram as contas julgadas) o TCM rejeitou os relatórios apresentados de 99 municípios baianos e aprovou, com ressalva, outros 316. Das 14 maiores cidades, seis tiveram as contas reprovadas, principalmente por ausência de licitação ou irregularidades nesse procedimento. Foram elas: Barreiras, Ilhéus, Itabuna, Jequié, Juazeiro e Salvador. Outras sete foram aprovadas com ressalvas: Alagoinhas, Camaçari, Feira de Santana, Lauro de Freitas, Paulo Afonso, Simões Filho e Vitória da Conquista. Apenas a rejeição das contas de uma administração municipal pelo TCM, não garante uma punição. Os gestores são multados e obrigados a devolverem os recursos ao erário público. Entretanto, o prefeito poderá ficar inelegível por oito anos, caso a Câmara de Vereadores acate a decisão do Tribunal.
